Re: BLAST i selekcja wyników

> Blast nie jest najlepszy do wyszukiwania _motywow_.  Po pierwsze warto
> najpierw takowy motyw znalesc w malym zbiorze sekwencji o ktorych
> zakladamy ze takowy motyw zawieraja (uzyj np. MEME).  Po drugie majac
> owy motyw mozemy przeszukiwac znacznie wieksze zbiory albo uzywajac 'z
> klepki' MAST'a albo wycinajac motywy, przeprowadzajac alignment,
> nastepnie generujac profile (hmmer) i wreszcie szukajac bazy bialek
> hmmsearchem.
> 
> Jesli chodzi Ci jedynie o znalezienie wszelkich bialkowych gadzin
> ktore maja dokladnie 10 aminokwasow takich jak je sobie zazyczysz to
> uzyj albo http://us.expasy.org/tools/scanprosite/ albo fuzzpro/dreg z
> EMBOSS'a.

Rzeczywi¶cie http://us.expasy.org/tools/scanprosite/ lepszy ale gdy 
skoncentrowa³em siê na konkretnym motywie to dla moich potrzeb BLAST da³ 
identyczne rezultaty.
Dzieki, eksperymentuje dalej.

-- 
Wys³ano z serwisu OnetNiusy: http://niusy.onet.pl